Самое раннее из известных на данный момент упоминаний о Ясной Поляне относится к началу XVII века. Обнаруживается оно в Указной грамоте царя Бориса Годунова от 14 августа 1603 года, где говорится о выяснении принадлежности полянки Репьево, расположенной «между деревнями Ясная Поляна и Бабурино».

«Стежка, – записано в архивном документе («дозоре»), – проложена…против Степанова поместья Карцова деревни Ясной Поляны подле государевой заповеди к большой дороге…».

Ясная Поляна куплена прадедом писателя по материнской линии князем Сергеем Федоровичем Волконским на имя его жены Марии Дмитриевны, урожденной Чаадаевой.

Николай Сергеевич Волконский выходит в отставку в 1799 году и вместе с дочерью Марией Николаевной переезжает в усадьбу, которая перешла в его личное владение после смерти его отца Сергея Федоровича Волконского в 1784 году. Начинаются значительные работы, изменившие прежний облик усадьбы: строительство большого архитектурного ансамбля, разбивка ландшафтного парка с прудами.

Мария Николаевна Волконская, унаследовавшая усадьбу после смерти отца, выходит замуж за графа Николая Ильича Толстого. Отец жениха Илья Андреевич Толстой, служивший губернатором в Казани, оставил сыну немалые долги. Помочь Николаю Ильичу могла женитьба на богатой невесте. Но брак, заключенный по расчету, оказался счастливым. В семье Толстых родилось пятеро детей: сыновья Николай, Сергей, Дмитрий, Лев и дочь Мария.

Осенью 1824 года был достроен большой барский дом, куда из одного из флигелей переселилась семья Толстых. В нем были детская, классная, официантская, фортепьянная, диванная, большая гостиная, малая гостиная – всего предположительно около сорока комнат. В 1854 году дом был продан на своз. На месте здания в Ясной Поляне остался лишь камень из фундамента, на котором впоследствии была выбита надпись: «Здесь стоял дом, в котором родился Л. Н. Толстой».

Лев Николаевич унаследовал Ясную Поляну по семейному обычаю – имение, в котором жили родители, обычно переходило младшему из сыновей. В начале 1850-х годов Толстой начинает военную службу и проводит несколько лет на Кавказе и в Крыму.

После возвращения с военной службы Лев Толстой поселился в правом флигеле, который со временем увеличивается благодаря пристройкам 1871 и 1894 годов.

В левом флигеле писатель открывает школу для крестьянских детей, в которой преподает сам. Основными принципами обучения являлись полная свобода учеников и отсутствие какого-либо принуждения.

23 сентября 1862 года Толстой женился на Софье Андреевне Берс, дочери своих давних знакомых – московского врача Андрея Евстафьевича и его жены Любови Александровны. Невесте на тот момент было 18 лет, жениху – 34. Вместе они прожили 48 лет, в их семье родилось 13 детей.

Отказавшись от частной собственности, Толстой подготовил проект раздела собственного наследства между женой и детьми. Ясную Поляну и ближайшие земли получил младший сын писателя Ванечка (370 дес. 1544 кв. сажень по отдельной записи), а западную часть имения – Софья Андреевна (426 дес. 330 кв. сажень частью по купчей крепости, частью по дарственной записи).

28 октября 1910 года, ночью, тайно от семьи и в сопровождении своего врача Душана Петровича Маковицкого, 82-летний Лев Николаевич Толстой покинул Ясную Поляну. В дороге он заболел и был вынужден сойти с поезда на маленькой железнодорожной станции Астапово, где умер от воспаления легких 7 ноября.

В 1911 году вдова писателя С. А. Толстая обращалась к императору Николаю II с просьбой приобрести Ясную Поляну в казну, но получила отказ. Было решено назначить ей пенсию, которая отчасти шла на содержание имения. Софья Андреевна делала все возможное, чтобы сохранить парк и усадебные постройки в прежнем виде, фактически став первым хранителем Ясной Поляны.

27 мая Народный комиссариат просвещения выдал младшей дочери писателя Александре Львовне охранную грамоту на Ясную Поляну, в которой удостоверялось, что усадьба и все находящиеся в доме Толстого вещи, имеющие «исключительную культурно-историческую ценность и являющиеся национальным достоянием, находятся под охраной государства».

10 июня 1921 года вышло постановление Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета (ВЦИК) о новом статусе Ясной Поляны. Его «комиссаром-хранителем» (директором) была назначена Александра Львовна Толстая, сыгравшая огромную роль в развитии музея в 1920-е годы. В ее задачи входили создание в Ясной Поляне культурно-просветительского центра с библиотекой и школой, организация лекций, спектаклей, выставок, экскурсий.

Директором музея становится внучка Л. Н. Толстого – Софья Андреевна Толстая-Есенина. Из-за угрозы оккупации она организует эвакуацию музейных предметов в глубокий тыл. 13 октября 110 ящиков с экспонатами Дома Толстого были отправлены в Москву, а затем в Томск. С 29 октября по 15 декабря 1941 года Ясная Поляна была оккупирована немецкими войсками. При отступлении немцы подожгли Дом Толстого. К счастью, пожар удалось потушить, и в усадьбе немедленно начались восстановительные работы.

Директором музея становится праправнук Л. Н. Толстого Владимир Ильич Толстой. С этого момента можно говорить о возвращении Толстых в Ясную Поляну и возвращении к истории, корням, традициям старой русской дворянской усадьбы.

Личная библиотека Л. Н. Толстого была внесена в реестр «Память мира» – программу Организации Объединенных Наций по вопросам образования, науки и культуры (ЮНЕСКО) по защите всемирного документального наследия.

Директором музея после назначения Владимира Ильича Толстого на пост советника Президента РФ по культуре и искусству становится Екатерина Александровна Толстая.

Реализация проекта «Весь Толстой в один клик», направленного на создание эталонной электронной версии 90-томного собрания сочинений Льва Толстого. Проект осуществлен Государственным музеем Л. Н.Толстого, музеем-усадьбой «Ясная Поляна» и компанией ABBYY.